三清殿是道教标志性建筑，因内塑有道家三清真人而得名。原殿初建时间不可考，明清均有修缮记载，解放初建老君学校、政府时拆毁，现大殿为2001年旧址重修建筑，建筑面积约6000平方米。大门为云南双层雕花镂空青苹木；前殿正中塑有高9米的上清灵宝天真、玉清元始天真、太清道德天真，左右各塑有高5米的12金仙，殿内壁画、壁饰均为道家经典故事、文化背景图案；后殿塑有高5米的后三清真人塑像，神态各异，栩栩如生。三清殿右侧湖面耸立的一块巨石上刻有明朝太极宗师张三丰游凌云山所咏诗句：蜀山灵秀属凌云，水木清华远俗氛。九鼎烟中鸾凤啸，仙音不与世间闻。由此可见凌云山当年的极盛地位。